歷屆系主任

第一任系主任：沈建忠主任 (民國86 年 ~ 民國 106 年)

第二任系主任：楊賢鴻主任 (民國106 年 ~ 迄今)

歷屆副系主任

第一任副主任：方嘉佑副主任 (民國99年8月~民國99 年12月)

第二任副主任：黃聰龍副主任 (民國99年12月~民國104年8月)

第三任副主任：呂彥禮副主任 (民國104年8月~迄今)

歷屆醫預科主任

第一任醫預科主任：游智勝主任 (民國87 年~迄今)

歷屆研究所所長

第一任生藥所所長：王惠珀所長 (民國88年8月~民國91年4月)

第一任傳醫所所長：張恒鴻所長 (民國89年8月~民國99年7月)

代理天藥所所長：方嘉佑代所長 (民國91年5月~民國91年7月)

第二任天藥所所長：楊春茂所長 (民國91年8月~民國95年7月)

第三任天藥所所長：翁一鳴所長 (民國95年8月~民國97年7月)

第四任天藥所所長：方嘉佑所長 (民國97年8月~民國99年7月)

註1：民國89年10月生藥科學研究所更名為「天然藥物研究所」

註2：民國99年8月天藥所與傳醫所整併為「中醫學系天然藥物碩士班」與「中醫學系傳統中醫學碩士班」，沈建忠教授擔任系主任。