中國傳統醫學之博大精深，若能結合西方醫學科技，並培育新一代學子，共同發展與創造現代醫學之顛峰，必為全人類之萬福。因此，本系以「結合現代醫學科技研究中醫，使中、西醫互補不足，造福病患」發展之宗旨。並以 (1)傳承及發展傳統醫學；(2)培養優秀的中、西醫師及中醫藥研究人才；(3)促進中醫藥現代化為教育目標。